A Mei no Naisho a címszereplő Mei Haruna, egy nőies fiatal fiú életét járja körül, akit boszorkányanyja lányként nevelt fel, és mindig nőnek gondolta magát. Édesanyja volt az egyetlen család, akinek megvolt, így halála után egy lányos gimnáziumba költözik, és beszélő ismerős macskájával, Abellel, valamint szobatársával, Fuuka Honjou-val, aki szintén tagja az iskola kollégiumának. a közerkölcsi bizottság. Röviddel az iskolába érkezés után új barátai a kollégiumi közösségi fürdőben egy varázslatos bemutatás után felfedezik, hogy ő valóban férfi, bár ez meglehetősen sokkolja őt annak ellenére, hogy tisztában van a közte és a normális lányok közötti fizikai különbségekkel. Annak ellenére, hogy megtudták, és a perverz diáktanács elnökének némi hasznos közbelépése után az iskola igazgatója úgy dönt, hogy az iskolában maradhat. Másnap Mei Fuukával jön az iskolába, és elnézést kér, amiért elrejtette, hogy boszorkány volt, és tájékoztatja a többieket arról, hogy nyilvánvalóan férfi. A többi diák gyorsan elfogadja, mint sajátját, és lenyűgözte, hogyan tudja használni a varázslatot.
