A népszerű PS2 játékok alapján a Star Ocean of the Time vége.
Tizenkét hős meghiúsította a Tíz Bölcs tervét, hogy elpusztítsa az univerzumot. Négyszáz év telt el. A dátum SD 772. A Pangalactic Szövetség már felfedezte a Tejútrendszer egyharmadát, és folytatja a kutatást a még nagyobb hatalom iránti kielégíthetetlen törekvésében. Ez idő alatt a fiatal földlakó Fayt Leingod és családja meglátogatja Hydát, a Pangalaktikus Föderáció üdülőhelyi bolygóját, amikor hirtelen egy ismeretlen katonai űrerő megtámadja Hydát. A roham miatt az épületek megsemmisülnek, az üdülőhely természeti környezete pedig tönkremegy. A káosz közepette Fayt megpróbál elmenekülni Sophiával és a többi üdülőhelyi vendéggel egy sürgősségi menedékhelyre, miközben útközben csatlakozik szüleihez. De még a menekülési útjuk is támadás alá esik. Faytnek sikerül elérnie a menedéket, de el van választva szüleitől ...
